Der Dünndarm war bis vor einigen Jahren aufgrund seiner Länge (oft 4-6 Meter) der konventionellen Endoskopie nicht zugänglich. Die Doppelballon-Endoskopie ist mittlerweile ein etabliertes endoskopisches Verfahren, um den kompletten Dünndarm zu untersuchen. 

Bei dieser neuen Endoskopie-Technologie wird ein Spezialendoskop mit Hilfe eines Ballons im Dünndarm fixiert. Dann erfolgt durch Vorschieben eines über das Endoskop gestülpten Schlauchs (sog. Übertubus), der folgend mit einem zweiten Ballon ebenfalls fixiert wird, der Vorschub. So wird in mehreren Abschnitten durch wechselseitiges Aufblasen und Luft ablassen beider Kunststoffballons und entsprechender Endoskopführung eine Auffädelung des Dünndarms über das Endoskop erzielt. Durch dieses zeitintensive Verfahren kann der gesamte Dünndarm untersucht werden. 

Dabei hat der Untersucher die Möglichkeit diagnostische Maßnahmen wie die Entnahme von Gewebeproben (Biopsie) und therapeutische Interventionen wie das Entfernen von Polypen (Polypektomie) durchzuführen.

Haupteinsatzgebiete sind unklare Blutung aus dem Dünndarm und der Verdacht auf Dünndarmerkrankung.