Der Untersuchungsablauf ist technisch identisch mit dem einer Magenspiegelung. Mit der Untersuchungsmethode einer Magenspiegelung, wobei sich allerdings an der Gerätespitze ein Ultraschallkopf befindet, kann durch die Speiseröhre o. Magen hindurch das umgebende Gewebe sonographisch untersucht werden. Etabliert ist dies Methode v.a. bei Tumore des oberen Magen – Darm – Traktes (also Speiseröhre, Magen aber auch Bauchspeicheldrüse). Indikationen bestehen auch zur Klärung eines Galleabflusshindernisses (Steine, Tumor o. Entzündung). Die Untersuchung wird in einer Schlafbetäubung durchgeführt, weil sie länger als eine Magenspiegelung dauern kann.

Eine ganz ähnliche Untersuchung gibt es auch für den unteren Darm (Enddarmbereich), hier zur Klärung der Ausdehnung von Tumore in die Tiefe u. das umgebende Gewebe.